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La gestion des déchets biomédicaux reste un défi majeur pour les structures de santé secondaires au Mali. L’objectif de l’étude est d’évaluer la gestion des déchets hospitaliers dans le Centre de Santé de Référence de la ville de San. Il s’agit de faire une évaluation des capacités, des faiblesses du centre de santé de San et les risques de la mauvaise gestion des déchets biomédicaux tant sur la santé humaine et l’environnement. La recherche documentaire, les enquêtes qualitatives, les observations directes et les enquêtes quantitatives, ont permis la collecte des données qualitatives et quantitatives. Les données qualitatives ont été traitées par l’analyse de contenu. Pour le traitement des données quantitatives et pour l’élaboration de la carte, les logiciels : Excel et ArcGIS ont été utilisés. Les résultats montrent les différentes tares dans la gestion des déchets biomédicaux au Centre de Santé de référence de San et ce, malgré les efforts louables, des dysfonctionnements persistent. La précollecte, la collecte, le transport, le traitement et l’élimination des déchets ont été jugés non conformes aux normes standards. Cette situation s’explique, d’une part par l’insuffisance des moyens matériels adéquats, et d’autre part, par la faible qualification des ressources humaines engagées. Il en découle des risques potentiels de contamination de la population à différentes infections et de pollution de l’environnement. Des propositions pour améliorer la qualité du traitement des déchets biomédicaux ont été faites à l’intention des décideurs à tous les niveaux.